La Secretaría General actúa como la representante legal y general de FLACSO. Garantiza el cumplimiento de los objetivos y valores de la institución, de sus reglamentos, promoviendo la sostenibilidad del Sistema.

En colaboración con el Comité Directivo, la Secretaría General lleva a cabo los mandatos de la Asamblea General y el Consejo Superior. Abarca la gestión académica, la investigación y la cooperación técnica, así como el fortalecimiento de las relaciones con los Estados Miembros y Observadores.

Coordina las iniciativas a nivel regional, para el desarrollo e integración del sistema, asegurando la coherencia y excelencia en todas las actividades institucionales.

La Secretaría viene implementando un plan estratégico 2024-2028 con un énfasis especial en la comunidad y el liderazgo global de FLACSO.

En ese sentido, se ha creó la Dirección Regional de Investigación y Cooperación Internacional, así como las asesorías institucionales de relaciones internacionales y comunicación.