FLACSO tiene como principal objetivo promover la enseñanza y la investigación en el campo de las Ciencias Sociales. Considerando que se deben fomentar todas aquellas actividades académicas relacionadas con las Ciencias Sociales que conduzcan al desarrollo y la integración de los países de la región latinoamericana, la FLACSO reconoce la necesidad de otorgar reconocimiento a aquellas personalidades que hayan realizado una contribución científica de fundamental importancia para el conocimiento de las Ciencias Sociales, al desarrollo democrático y equitativo, y la integración de las sociedades latinoamericanas.

El Doctorado Honoris Causa podrá otorgarse a aquella persona que haya realizado una contribución científica de fundamental importancia para el desarrollo de las Ciencias Sociales en América Latina, y/o cuya labor haya sido relevante en el planteamiento o ejecución de soluciones para el desarrollo e integración de la región Latinoamericana.

La valoración de las candidaturas se realizará con independencia de la nacionalidad, género, edad, religión, ideología, disciplina profesional o afiliación institucional del postulante. Solamente se otorgará un Doctorado Honoris Causa por año.

En colaboración con el Comité Directivo, la Secretaría General lleva a cabo los mandatos de la Asamblea General y el Consejo Superior. Abarca la gestión académica, la investigación y la cooperación técnica, así como el fortalecimiento de las relaciones con los Estados Miembros y Observadores.

Coordina las iniciativas a nivel regional, para el desarrollo e integración del sistema, asegurando la coherencia y excelencia en todas las actividades institucionales.